由于JavaScript可以创造很多吸引人的视觉效果，有些网站喜欢使用JavaScript脚本生成导航。这也是严重的蜘蛛陷阱之一。
据观察，有的搜索引擎在技术上可以获得JavaScript脚本中包含的链接，甚至可以执行脚本并跟踪链接，但对权重低的网站，搜索引擎觉得没必要，不会费那个劲。所以网站上的链接必须使用最简单标准的HTML链接，尤其是导航系统。用CSS做导航同样可以实现很多视觉效果。
JavaScript链接在SEO中也有特殊用途，那就是站长不希望被收录的页面（如无排名意义的页面，重复内容页面等），不希望彻底权重的链接，可以使用JavaScript脚本阻止搜索引擎爬行。